Видеокарта не работает в слоте Pcie x16?

Да, видеокарта работали в полном x16 режиме. Странно, что в GPU-Z пишет, что поддерживается видеокартой PCI E 2.0 x16, а работает она, что верно в 2.0 x4. Может быть, что то с биосом видеокарта?

Дистрибутив linux для MacBook Pro Retina?

Видимо, вы правы

Как поставить Mac OS на чистый диск?

Да, не написал. Выдаёт ошибку - 2002F.