И допустим ли с семантической точки зрения вариант размещать одни скрипты в head а другие внизу страницы?
Всё хорошо в меру.
Если вы считаете, что готовы подольше подождать загрузки сайта, но сразу увидеть красивые чекбоксы - добавьте этот скрипт в head.
Ну а всю "тяжелую" логику, которая не нужна "здесь и сейчас" вынесите вниз.
Это нормально.
И это все преимущества. Никакой магии )