Никогда не перехватывайте Exception. Это приводит к появлению скрытых ошибок и нестабильных состояний, а также приводит к утяжелению отладки. В крайнем случае стоит ловить SQLAlchemyError. Но в общем случае, чем конкретнее обработчик ошибок, тем лучше.