1. Перейти на Nginx, последняя версия ветки mainline
2. Перейти на последнюю версию PHP5-FPM с OPcache
3. Перейти на MariaDB 10
4. Установить Memcached, модуль php5-memcache
d (c буквой
d в конце, НЕ php5-memcache)
5. Для профита от п.4 установить плагин
Memcached Redux
Можно в обратном порядке - Memcached, MariaDB, свежий PHP c OPcache, потом уже Nginx. Кроме того, неплохо бы протюнить настройки MySQL (или MariaDB) - особенно кеши. Но для этого надо проработать в штатном режиме хотя бы недели две, чтобы накопилась статистика. Лучше месяц.
У вас, скорее всего, затык в связке php-mysql, запросы обрабатываются долго. Попробуйте поставить плагин
Query Monitor и посмотреть узкие места.