Этот ответ стал решением моей проблемы, над которой я бился уже месяц. Благодарю!
Собственно, как я использую GoodSync: связал через неё дебажную папку сайта на хостинге и её копию на локалке, которая является git-репозиторием. В итоге спокойно делаю коммиты и просматриваю историю файлов через SourceTree, при этом публикуя изменения прямо на сервер, где и смотрю на результат.