Ваша задача с помощью RouterOS решается очень просто без использования скриптов.
В настройках интерфейсов ISP нужно убрать автоназначение маршрута по-умолчанию (add default route), вместо них создайте вручную маршруты по-умолчанию с маршрутными метками (routing mark). Для маршрута к ISP1 метку можно не указывать (по-умолчанию используется метка "main", которая не отображается). Для маршрута ISP2 укажите, например, routing mark = isp2.
Для того чтобы трафик LAN2 пошел через маршрут с меткой isp2 - нужно добавить правило маршрутизации:
/ip route rule
add action=lookup disabled=no src-address=192.168.88.0/24 table=isp2.
Для резервирования канала ISP2 для LAN1 - добавьте еще один маршрут по-умолчанию, указав в качестве gateway шлюз ISP2 и указав значение distance большее чем в основных маршрутах (по-умолчанию distance=1). Для резервирования ISP1 для LAN2 - дополнительных настроек не нужно, трафик пойдет через основной маршрут по-умолчанию, в случае недоступности маршрута по метке, указанной в /ip route rules.
Этих настроек достаточно для решения вашей задачи, но резервирование будет работать только в случае, если соответствующий шлюз окажется недоступен. Для более глубокой проверки канала на доступность интернета настройте рекурсивную маршрутизацию, это подробно описано в презентации Александра Романова.
Также должны быть настроены соответствующие правила маскарадинга в /ip firewall nat.

В общем виде это должно быть организовано примерно так:
- Поднят и функционирует туннель между роутерами;
- Поверх туннеля на обоих концах поднят EoIP-туннель;
- Локальные интерейсы и EoIP туннели объединяются в bridge на каждом роутере;
- Настраивается 2 DHCP-сервера на обоих роутерах, в качестве интерфейса DHCP нужно указать ваш bridge-интерфейс. DHCP network должна быть единой 192.168.0.0/16 в вашем случае указана в настройках обоих DHCP-серверов, а вот диапазоны (pool) выдачи адресов должны быть непересекающимися, входящие в обозначенную подсеть. Например, 192.168.0.2-192.168.0.255 на одном роутере и 192.168.1.2-192.168.1.255 на втором, в вашем случае.
- Создавать один DHCP на локальную и удаленную подсеть неправильно и опрометчиво - в случае разрыва туннеля между роутерами - на стороне, где нет DHCP истекут сроки аренды, со всеми вытекающими.
- Лишний broadcast можно заблокировать с помощью /interface bridge filter.
- Обязательно нужно создать правило, блокирующее DHCP-запросы между удаленными сетями, например так:
/interface bribge filter
add action=drop chain=forward comment="Drop DHCP requests over EoIP bridge" disabled=no in-interface=eoip-tunnel1 ip-protocol=udp mac-protocol=ip src-port=68

Таким способом можно объединить и больше чем две удаленные сети, выстраивая оптимальную топологию. Работает без проблем, щироковещательный трафик незначительный.

P.S. Вместо EoIP-туннеля предпочтительнее использовать VPLS. В своих настройках отталкивался от презентации Дмитрия Кузнецова, на деле все оказалось немного проще, приведу отличия моих настроек:
- Необходимо настроить маршрутизацию между удаленными интерфейсами lo, при этом в качестве шлюза на стороне впн-сервера предпочтительнее указать remote address впн-клиента, а не сам впн-интерфейс, либо создать bind для впн-клиента, чтобы в маршруте интерфейс не заменялся на unknow при переподключении.
- В список LDP-интерфейсов достаточно добавить только "пустые" bridge, впн-интерфейсы добавлять не нужно.

После перехода на VPLS заметил некоторое "оживление" сети и прирост максимальной скорости при скачивании файлов.