1. Не затрут, будет конфликт либо при push, либо при pull (делать pull перед push - неплохая идея, как по мне). Дальше либо git сам сольет эти изменения, либо потребует сделать это вручную. В любом случае, просто так что-то затереть не получится (иначе какой был бы смысл в git вообще?).
2. Именно.
3. А это уже от работодателя зависит. Могут ограничиться и учеткой в домене, а дальше типа настраивай себе рабочее место сам под свои нужды.
