Возможно наведет на мысли. Меня только смущает, что у вас отсутствует в таблице AA03 для U01, а вы его хотите получить пустым. По идее можно насильно добавлять через условия.
#!/usr/bin/env python3
import csv
import json
table_file = '/home/ratkin.roman/Документы/test.csv'
new_table = {}
with open(table_file, 'r', encoding='utf-8') as table:
f = csv.reader(table, delimiter=',')
next(f)
for row in f:
new_table.setdefault(row[1], {}).update([(row[0],row[2])])
print(json.dumps(new_table, sort_keys=True, indent=4))
Результат
{
"U01": {
"AA01": "1375",
"AA02": "71"
},
"U02": {
"AA01": "957",
"AA02": "815",
"AA03": "65"
},
"U03": {
"AA01": "1189",
"AA02": "78"
},
"U04": {
"AA01": "132",
"AA02": "80"
},
"U05": {
"AA01": "1100",
"AA02": "516",
"AA03": "64"
}
}