Путь у вас относительный. Поэтому он считается относительно текущего рабочего каталога. Этот каталог может совпадать с каталогом, в котором лежит скрипт, а может не совпадать!
Поэтому лучший способ - вычислять путь самому.
sys.argv[0] всегда указывает на путь к файлу скрипта.
Поэтому можно сделать либо так (с помощью os.path):
os.path.join(os.path.dirname(sys.argv[0]), 'config.txt')
либо так (с помощью pathlib)
pathlib.Path(sys.argv[0]).parent / 'config.txt' 
