Как в Java прочитать *.properties файлы с русским текстом?

а в InputStream указывали кодировку? reader = new InputStreamReader(stream,"UTF-8");

Как правильно составить запрос к базе?

Спасибо буду знать. Не разу не писал на PHP.

Как правильно составить запрос к базе?

Будет WHERE catalog_items_active = 'Y' AND T2.owner_id IN ( и т.д.

Как правильно составить запрос к базе?

Все в IN не обязательно. Соединяй условия между собой через AND