Homo Ludens

Что бы не было подобных глюков нужно не уничтожать объект, а помечать как уничтоженный.
Ну а потом, уже после отработки всех столкновений, или уничтожать его или откладывать в пул для переиспользования .

Начинаешь с геймдизайна. Пишешь основную идею игры: что, как из чего состоит и на что влияет. Просто в блокнотик.
Дальше архитектура. Определяешь какие сущности есть в игре как они взаимосвязаны, как их лучше реализовывать. Как минимум уже есть интерфейс, арена, юниты, оружие.

Пишешь базовую логику объектов. Т.е. предметы должны падать на пол, стрелы и пули должны летать, сталкиваться с объектами и т.д.
Пишешь базовую логику юнитов. т.е. ХП, перемещения, атака, защита, дистанционная атака, смерть, управление анимациями и т.д. после написания юнит должен выполнять отданные ему команды, бежать куда укажешь, стрелять, бить, умирать... Можно и без анимаций, чисто на кубиках.
Пишешь тактику - логику боя. т.е. выбор противника для атаки (случайный или подчиняется некой логике), выбор действия (стоим, стреляем, бежим, убегаем и т.д. опять же как случайные так и логичные действия). При простейшей реализации каждый юнит выбирает случайного противника и мчится его убивать, ну или стреляет в него пока тот не сдохнет.
По хорошему еще и кастомизацию, т.е. юнит может быть с мечем и щитом, а может быть с топором, в доспехах или без, это все влияет на атаку/защиту/скорость перемещения/наличие спец способностей, а следовательно и на выбор тактики.
Еще полезно будет добавить реакцию, т.е. если юнита атакуют он должен прикинуть что лучше, продолжить бить того кого бил, или переключится на того кто обидел.

Это все нужно написать самостоятельно хотя конечно некоторые вещи можно брать из примеров, типа управления анимацией или физику. Почему самостоятельно? А потому что иначе не сможешь написать тактику и всю остальную логику, просто не будешь понимать что откуда берется. Вся логика боя пишется исходя из параметров юнитов и того как эти параметры влияют друг на друга.

Можно сделать систему частиц которые порождаются на поверхности модели. саму модель скрыть. Разлет частиц настроить по желанию :)
Для полноты картины можно еще и стартовый цвет частиц попробовать настраивать по цвету точки модели откуда где она родилась.

А на самом сайте юнити базовые учебные проекты чем не подошли?
меню, сохранение, пауза для непростой игры это эчень непростое и индивидуальное дело, их все равно нужно писать. То же сохранение потребует от вас написать какие именно данные от каких объектов будут сохранятся и как это все будет загружаться обратно.

В разработке игр, виртуальной и дополненной реальности, 3д приложений и т.п. Юнити дает наибольший выигрыш.
Разумеется приложения разрабатывать можно, но главное достоинство юнити именно 3д движок.
Впрочем есть и 2д, и интерфейсные решения.