Можно сделать портабл версию после выполнения всех настроек - достаточно сложно для простого пользователя.
Ставится чистая система на виртуалку, ставится инструмент создания портабл программ, сканируется состояние системы, ставится программа - делаются необходимые настройки, система сканируется еще раз - выгружаются все изменения сделанные в ней в протабл версию программы
