Зависит от того, как договаривались с заказчиком. Но в целом такой плеер тоже может придется делать, это не задача бекэнда.
В каком виде сдает работу - тоже обговаривать надо, иногда просто архив, чаще всего нужно загрузить на хостинг, чтобы можно было потыкать все сразу.
Есть просто старый сайт и новый макет под мобильники?
В целом флексы и order решают много проблем с перемещением блоков, но не видя макета трудно что-то сказать.
Используя навыки телепатии, предполагаю, что у автора .leftMenu, .mainMenu и .rightMenu находятся в блоке .header, который флекс-контейнером не является.
Хоть пример с каким-нибудь фоном оформите.
На правах бреда могу предложить прописать в css -webkit-background-appearance: hidden, порой помогает от всякого дерганья, но в чем причина - непонятно.
В каком виде сдает работу - тоже обговаривать надо, иногда просто архив, чаще всего нужно загрузить на хостинг, чтобы можно было потыкать все сразу.