1) Hyper-V Server (который бесплатный) не даёт никаких дополнительных лицензий. Лицензии будут только в случае приобретения Windows Server Standard, на котором вы поднимете роль Hyper-V. Вот внутри этого Hyper-V уже можно будет развернуть две виртуалки с виндой.
2) Виртуализация без кластера -- это палево. Выпади любая часть хоста (проц, память, дисковый контроллер, сетевой адаптер -- и у вас ложится на бок сразу куча виртуалок. Учитывая ваши пожелания -- ляжет также и контроллер домена, это будет вдвойне грустно.
3) Поддерживаю предыдущего оратора насчёт мониторинга производительности NAS. Полагаю, там будет упираться в IOPSы, предоставляемые дисками. Для сравнения можно попробовать в нерабочее время натравить на эти диски какой-нибудь дисковые бенчмарк, чтобы получить эталонное значение IOPS, и потом сравнить с тем значением, которое получается при работе 1С. Если цифры близки -- делаем вывод, что упираемся в диски.
