Для Debian есть такая хитрая штука как кэширующий сервер обновлений, вроде apt-cacher-ng оно. Получается так, что качать и хранить все зеркало целиком не нужно, но если машины запрашивают одинаковые пакеты, то качаются они только один раз из внешней сети.