Верно, скорее всего проблема в php. Проблема в таких случаях бывает по 3 причинам:
- 300к файл содержит ошибки формата данных, возможно php падает из-за программной ошибки
- лимит по времени превышен
- превышен лимит по памяти
Для отлова бага запустите php скрипт в контролируемой среде:
- включите обработку всех ошибок - error_reporting(E_ALL)
- уберите лимит на время запуска - set_time_limit(0)
- увеличьте лимит по памяти - ini_set('memory_limit','256M');
