Gintoki

Попробуй из консоли выполнить sudo aptitude install -f (если aptitude нет - используй что есть).
При наличии повреждений зависимостей пакетов он постарается это дело исправить.

1. backdoor-apk ругается потому, что нужный ему порт занят какой-то другой приблудой. Если процесс krb524 не нужен, можно прибить его просто.
2. Если krb524 висит не в режиме прослушивания, то, ЕМНИП, nmap и ответит, что порт закрыт.
Тот факт, что nmap узнал что именно висит на этом порту - уже говорит о том, что iptables пропустил запрос nmap'a.

Оптимальнее всего будет так, полагаю:
tar cf - *путь к каталогу с миллионом файлом* | ssh user@server "tar xf - -C *путь распаковки*"

Так как чудес на свете не бывает, то, как верно ответили выше, всё дело в некорректной настройке оборудования. Эти сервера вполне могут находиться в разных сегментах сети (разделены маршрутизатором с запрещающими прямую видимость правилами, в разных VLAN'ах и т.д.).
Но я не понимаю смысла в таких вопросах без описания деталей. Одно дело, когда какая-нибудь домохозяйка задаёт вопрос - в силу своих скромных познаний в IT - в стиле "У меня всё не работает. Помогите!". Другое дело - человек, работающий с серверами, а значит имеющий к IT какое-никакое отношение.

Можно сделать как-то так:

ps -eo uid,pmem | grep "UID требуемого пользователя" | awk '{ SUM += $2 } END { print SUM }'

Эта несложная комбинация покажет суммарное использование ОЗУ конкретным пользователем.
Дальше можно написать простенький скрипт, который перебирал бы всех пользователей и записывал результат в файл, для последующего разбора.
PS. Есть, как минимум, одно "но!". Если искомый uid будет меньше сотни (какой-нибудь системный пользователь), то grep может дать погрешность (возможно даже сильную) при выборке.