Ghazsh

Очень хорошо описано почему стоящие ниже стили не перекрывают те, что шли раньше описано здесь www.quizful.net/post/specificity-of-css-selectors
Есть смысл посмотреть, как указан стиль в бутстраповском файле и сделать свои правила более приоритетными.
Но, лучше взять только необходимые компонеты из BS. Скорее всего, кроме сетки вам ничего не надо, а вот пользователям приходится грузить лишние стили.

Можно я тоже присоседюсь? У меня аналогичная проблема. Только уже в локальном документе.
Анимация работает. Скрипт добавляет классы в DOM. Но анимация отображается при загрузке страницы, а не при доскроливании до нужного места.
Про какой доктайп вы говорили? Который вначале документа? Вроде стоит.
В шапке подключены

Не фурычит. Может надо ещё что-то подключать? Что-т я туплю.

upd.
Прикольно. Работает, если открыть консоль разработчика в браузере. Походу какие-то проблемы с кешированием. Ну да ладно.