Как в MongoDB обновить объекты в массиве только новыми ключами?

Хотелось бы иметь что-то вроде "persons.$": {"alive": true}, т.к. ключи могут быть произвольными, но это можно имитировать на стороне приложения.

Есть ли фреймворки на PHP 5.4+?

Вы ведь пользовались Yii, поведения (Behaviors) в нем по сути и есть реализация идеологии трейтов.
Извиняюсь за предыдущий комментарий, не обратил внимания.

Есть ли фреймворки на PHP 5.4+?

Выше указанно на ZF2.
Могу добавить Doctrine 2.2 ORM, для доступа к полям сущности там предполагается использовать трейт.

Есть ли фреймворки на PHP 5.4+?

zf2 именно для 5.4 Например в компоненте менеджера событий используются трейты.
Пруф: github.com/zendframework/zf2/blob/master/library/Zend/EventManager/ProvidesEvents.php

Обмен данными между клиентом на ActionScript3 и сервером на PHP

Используем Zend AMF в проекте на Symfony 2, проблем с интеграцией не было. Единственное Zend_Amf тянет с собой зависимости от Zend_Server и подобных компонентов.

Обмен данными между клиентом на ActionScript3 и сервером на PHP

Есть компонент Zend_Amf из ZendFramework'a.