Как и ожидалось проблема в том что юнит тесты запускались в самой машине пайплайна а сонар сканер запускался в образе докера. Все это решается заменой готово action для сканера установкой сканера в сам пайплайн.
Код скрипта:
apt-get update
apt-get install unzip wget nodejs
wget https://binaries.sonarsource.com/Distribution/sonar-scanner-cli/sonar-scanner-cli-4.6.0.2311.zip
unzip sonar-scanner-cli-4.6.0.2311.zip
./vendor/bin/phpunit --stop-on-failure
sonar-scanner-4.6.0.2311/bin/sonar-scanner \
-Dsonar.host.url=$SONARQUBE_HOST \
-Dsonar.login=$SONARQUBE_TOKEN