Roman

data в base64 ?

const toDataURL = url => fetch(url)
  .then(response => response.blob())
  .then(blob => new Promise((resolve, reject) => {
    const reader = new FileReader()
    reader.onloadend = () => resolve(reader.result)
    reader.onerror = reject
    reader.readAsDataURL(blob)
  }))


toDataURL('https://www.gravatar.com/avatar/d50c83cc0c6523b4d3f6085295c953e0')
  .then(dataUrl => {
    console.log('RESULT:', dataUrl)
  })

У тебя условия только на клики, двойного нет.

Проблема в непонимании Евентов
transition у тебя длится 1s, а потом nowинкрементируется внутри setTimeout

При следующих нажатиях срабатывает if(!boxes[now + 1]) return

В кратце пользователь должен ждать секунду, чтобы заново нажать на новый цвет
Можешь в эту секунду блокировать кнопку и все сработает как должно

Что улучшить?
Именование переменных
Вложеность
Табуляция
Алгоритм (держать обычный счетчик в js и менять цвет только через название класса)