GODiDS

Тут можно прописать программы, которые будут грузиться до полной загрузки виндовс. (Например сюда chkdsk прописывается)
HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Session Manager\BootExecute:

Почитайте еще тут, но это уже после запуска служб:
pashinblog.ru/sysadmin/run-on-load

Ну и собственно вы можете приложение подцепить как службу, прописать автозапуск, и оно будет запускаться до логина

Тот же Partition Manager может подменять собой стандартную утилиту chkdsk, которая отрабатывает "до полной загрузки". Можете и вы так выкрутится, хоть это и не очень хорошо и скорее всего карается антивирусом.

Необходимо выполнить приложение или командный файл до полной загрузки Windows.

Это невозможно! Никакое Windows приложение не будет работать до загрузки системы.

Такая функция реализована у многих программ для разметки дисков

Вы неверно понимаете ситуацию - такого рода программы работают в так называемой Windows Preinstallation Environment (WinPe) это облегченная версия windows которая полностью размещается в памяти, та самая среда которая используется при установке windows.
На ней же базируются многие LiveCD для востановления системы, наборы утилит для обслуживания, и.т.п.
В этой среде можно запускать средства разметки дисков, системные утилиты, средства для работы с сетью, средства удаленного доступа(например тимвьювер), и.т.п.