Скрипт, выполняемый на JavaScript за секунду, на PHP за 30 секунд проходит только 20%. В чём причина?

Версия php какая? У него с каждым релизом увеличивается скорость выполнения.
Данный код это в чистом виде синтетический тест от оптимизации под который разрабы пхп в данный момент отказались, так как это не приводит к увеличению работы реальных приложений.
В v8 есть jit который идеально оптимизирует подобный код, в пхп его сейчас нет