Хранить php-код в базе данных MySQL - насколько это корректно?

Код можно и сериализировать, но никаких особых символов там быть не может, ни разу не видел чтобы в базе пропадали какинибудь символы, если не считать чудес с кодировкой, но в данном случае это не актуально

Может ли быть проблема в материнской плате?

может быть чтото задели при смене жесткого диска ?
погуглил модель ноутбука, без виеокарты нашел только модели с i3 процессором, вы уверенны что ваш ноубук без дискретной видеокарты?

*Intel HD 4000 это встроенная, слабая видеокарта, возможно изза этого игры на ней и не выглядят как раньше, возможно после переустаноки не установили какойнибудь специфической утилитки которая подключает вторую видеокарту, у меня похожая конфигурация стационарного ПК, монитор подключен к порту встроенной карты, но во время игр используется другая карта, которая обычно выключена