скорее всего придется использовать дополнительную модель:
class Sequence(db.Model):
Key: db.StringProperty() #ключ, например "ArticleId"
Number: db.IntegerProperty(default=1) #само значение
и смысл в том — что в одной транзакции сначала получаем значение Number, и тут же обновляем его на +1
