Fortop

Первое что нужно проверить это тип таблицы.

MyISAM или InnoDB.
Второе наличие транзакции в запросах.

Поведение характерно для таблиц первого типа. У них "table level lock" для изменений в транзакции.
Т.е. блокируется ВСЯ таблица