Проблемы с url для custom post type. Как устранить проблему со страницей 404?

Евгений: Если Вы в настройках подгоняли структуру УРЛов (по имени поста, дате и тд), то проблема может быть именно в этом.

Вобще советую этот плагин не использовать, а удалить его на всегда. Удалить категорию из урл можно и без плагина следующим образом:

Заходим в Settings >> Permalinks и выбираем Custom. В поле пишем: /%category%/%postname%/
Ниже в поле Category Base прописываем /.
Сохраняем и проверяем изменения - категория должна исчезнуть из урл.

Если появляется ошибка 404, то пробуем в Custom дописать в конце .html : /%category%/%postname%.html