Всё зависит от того, какой именно механизм используется для получения диагностики от clang'а и выдачи этой диагностики пользователю. Если это делается на базе собственного DiagnosticRenderer'а, то там с каждым сообщением ассоциируется место в исходном тексте, для которого оно было выдано. Сравниваете имя файла, для которого было выдано сообщение, с имением обрабатываемого файла — и вуаля, если файл не текущий, ничего не выводите.
Если используется clang-c API, то можно воспользоваться методом
clang_getDiagnosticSetFromTU, а потом фильтровать всё так же — по имени файла, для которого было выдано то или иное сообщение.