Upd. чтобы
смиксовать оригинальное аудио из видеофайла с отдельным аудиотреком, причем меньшей длины, чем видео, придётся во-первых, повторять накладываемый аудиофайл, а во-вторых использовать аудиофильтр
amix:
ffmpeg \
-i video.mp4 \
-filter_complex "amovie=audio.mp3:loop=0,asetpts=N/SR/TB[over]; [0][over]amix=duration=shortest" \
-c:v copy \
result.mp4
Старый ответ, про замену аудио трека.
Чтобы заменить оригинальное аудио на другое из отдельного файла, нужно указать оба входа, и через
-map показать, откуда брать аудио и видео.
Примерно так:
ffmpeg \
-i video.mp4 \
-i newAudio.mp3 \
-c:v copy \
-c:a aac \
-map 0:v:0 \
-map 1:a:0 \
result.mp4
