так они сами все отрулят, своим почтарем, вы можете через web интерфейс яндекса насоздавать ящиков и пользоваться ими как с помощью почтовых клиентов(скриптов, самописных програм и т.д.) так и с помощью того же веб интерфейса, т.е. свой почтовый сервер и не нужен вовсе, главное правильно настроить зону на dns серверах(инструкции есть на страничке, ссылку на которую я привел в ответе).
Может я конечно несовсем понял вашу задачу.
