если вас парит архитектура на данном этапе развития, это похвально. Читать про тонкие контроллеры, про паттерны, про inversion of control в частности... Почитайте про выделение функционала в сервисный слой, почитайте про модульное тестирование (очень помогает иногда найти оптимальный уровень абстракции, особенно в купе с tdd). Правда есть риск что прочитав все это вы решите выбросить yii так как он не очень то хорошо справляется с "best practice" архитектурных решений.
А какой ответ вы хотите? Для работы с любыми сторонними сервисами нужно подключать всякий сторонний мусор. Вы используете сервис агрегатор, который всеравно должен подключить js-ки от других сервисов.
ну я вам так скажу, nginx + fpm как по мне настраивать проще чем apache... Я в свое время перешел на nginx потому что апач люто тек по памяти, а сейчас просто привык.
А какого рода проблемы были?
p.s. я вообще не вижу смысла ставить apache... только если нужен какой-то специфичный модуль, аналога которого нету под nginx.