Винда же загружается хорошо, когда два диска подключены к материнской плате. Соответственно hdd в норме на уровне железа иначе бы тормозила и винда, соответственно проблема скорее всего с файловой системой линукс диска, а fsck как раз проверяет ошибки файловой системы чтобы диск читал данные с первого раза а не с 10
Ps Аккаунт другой)