Лучше генерировать по событию - обновление данных в MySQL, файл JSON и хранить его статично, до следующего изменения. Можно вовсе хранить данные непосредственно в файле, если не нужен поиск, есть библиотеки позволяющие формировать JSON.
Делаю сейчас как раз карту
Сперва можно создать JSON файл, если координат точек нет, можно воспользоваться функцией из их песочницы:
https://tech.yandex.ru/maps/jsbox/2.1/balloon_ajax