Проблема явно в коде или преждевременной бездумной оптимизации настроек бд. У меня есть аналогичный(Django+Postres9.1) проект на DO и ни разу похожих проблем не было за несколько лет.
Еще вариант что вас взломали и запустили какого-то зловреда нагружающего систему. В любом случае без логов, топа, конфигов определить что там у вас не так сложно.
