Сравните конфиги мускуля с обоих систем, возможно мейнтейнеры убунтовского пакета по умолчанию выделили больше памяти на всякие буферы/кеши/итд. Ну и как правильно заметил
Дмитрий в убунте используется mariadb в пакете mysql-server, хотите мускуль - вам сюда
https://dev.mysql.com/downloads/repo/apt/ .