Хочется хранить весь профиль пользователя (то, что обычно называют Vaults или Spaces в похожих приложениях) включая бинарные файлы (библиотеки изображений, мультимедиа, документов и т.п. файлов) в едином файле с быстрым доступом, вместо иерархии папок на файловой системе.
Хранить в архивах ZIP, TAR/PAX, конечно, можно, но не сильно удобно: вместо работы с файлами придётся работать с библиотеками для работы с архивами: то записать в архив, то прочесть с него. С точки зрения производительности вряд ли будет столь же эффективно, как с файловой системой (даже с иерархией папок).
Можно просто держать пользовательские настройки и файлы - отдельно. И ничего особо мудрить тогда не нужно и будет очень универсально. Хотя, с точки зрения кросс-платформенности, скорее всего, будет не так всё хорошо. Но если пользоваться библиотеками поддерживающими кросс-платформенность - так лучше, конечно.
В настольных приложениях общие настройки и данные хранят в /etc , /usr/share , /usr/lib (Linux) , пользовательские - согласно спецификациям XDG и в Windows - в
своих директориях.
Медиа-файлы, конечно, должны быть доступны приложению простым образом, без необходимости писать/читать в/из архив(а). Особенно, если необходимо запустить ассоциированное с типом файла внешнее приложение, как видео-проигрыватель.
Более гибкий вариант: использовать SQLite или какую-то K/V СУБД (тот же Redis!). В добавок к кросс-платформенности получаем возможность простым API работать с данными, не занимаясь мелочью типа открыть-закрыть файл, (де)сериализовать данные (настройки всякие), записать/прочесть блок данных. Ими занимается драйвер СУБД (обычно библиотека) и сама СУБД.
Дополнительный гибридный вариант - использовать файлы локально и удалённо (с SDK): допустим с каким-нибудь объектным хранилищем, по протоколу S3 или другому. Как вариант, даже, использовать драйвер VFS для прозрачной работы с неким хранилищем, которое с точки зрения настольного приложения будет работать, как обычная ФС.
Для примеров можно взять типичные приложения типа веб-браузера или какого-нибудь мессенджера и посмотреть какие технологии используются в них.
