Если это весь xml, то он невалиден, так как нехватает root елемента. Если рут элемент есть, то достаточно добавить 2 потомков и . Другой вариант - прочитать как строку и дописать недостающую инфу.
1. Спарсить xpath'ом все \\shop\item\position
2. Пройтись по NodeSet'u циклом и удалить все родительские ноды одинаковых элементов, кроме первого, вместе с внутренностями.
3. Сохранить xml.