У меня получилось, но не совсем очевидным способом.
Папку создавать обязательно на странице почты, там где папки и письма, жмешь на "Входящие" правой кнопкой мыши, и выбираешь "Создать новую папку".
Если создать папку в настройках, она в веб интерфейсе будет во входящих, но в почтовом клиенте будет лежать в корне.
Далее перезапустить почтовый клиент, чтобы он обновил у себя список папок.