FanatPHP

Если я правильно понял, то здесь требуется не клон, а форк.
То есть надо
1. Клонировать
2. Создать в гите новый репозиторий
3. Сделать его апстримом к текущему коду

git clone https://github.com/userName/Repo New_Repo
cd New_Repo
git remote set-url origin https://github.com/userName/New_Repo
git remote add upstream https://github.com/userName/Repo
git push origin master
git push --all

В общем все как написано тут

1. Научиться отличать репозиторий от файлопомойки.
2. Залить мусор на CDN, и только код поместить в репозиторий.

Можно сделать сквош, и получить из двух коммитов один - вопрос снимается.
А в целом это точно не фикс. Фикс это не запланированная правка.
То есть при текущем подходе это будет фича такая-то, парт ван, и фича такая-то парт ту.

начни с простого,
ssh your.repo.tld
если напишет что permission denied - значит ты неправильно добавил ключ
если напишет что авторизация успешна, но шелла нет - значит ты добавил ключ правильно и проблема в настройках репозитория. проверяй, для какого пользовтеля ты добавил ключ и есть ли у него права на репу