Столкнулся с аналогичной проблемой. При отключении line-height скролл то исчезал, то появлялся.
Решением проблемы стал поэлементный анализ страницы, то есть в dev tools проходитесь по каждому вложенному элементу и удаляете его (объекты, которые по вашей задумке должны быть на границе экрана и им сопутствующие трогать не надо, только вложенные), до тех пор пока скролл не пропадет.
В моем случае стили писались не с нуля, а с использованием PrimeNg и проблема была с header content footer, где в футере были кнопки, которые делали отступ вниз и из-за этого был скролл.