На самом деле оба варианта по реализации настолько минимально отличаются, что хорошим советом будет «сделайте сейчас оба варианта, используйте сначала файлы, а когда файлов будет много померяете производительность».
В 99% случаев файлы лучше, т.к. к ним есть прямой и очевидный доступ без всяких баз, а база в любом случае прослойка.
По бакапам ситуация двоякая, с одной стороны файлы удобнее бакапить тем же инкриментом и обычными файловыми средствами, с другой стороны разовый бакап базы сделать можно сделать просто скопировав файл с таблицей и не надо собирать кучу файлов.
По скорости/нагрузке, безусловно если это один сервер, то файлы будут побыстрее (только бейте на папки, не пихайте больше 1000 в одну в любом случае), но если у Вас несколько серверов, то отдельный сервак с базой под файлы может иметь определённые преимущества, доступ к базе по сети чуть более очевиден (хотя если у Вас есть админ, то не принципиально).
Файлы при прочих равных однозначно лучше попадают в кэш, с другой стороны засирание кэша базой проще контроллировать.
