Если PHP в режиме mod_php, то файл кешируются. После изменения файла ничего не произойдет до тех пор, пока не закончится время жизни кешированного файла. Скажем так TTL для кеша стоит 5 минут, если вы выполнили файл, он закешировался, потом внесли изменения, то эти изменения вступят в силу только через 5 минут (с момента выполнения файла). Можно принудительно чистить хранилище.