Однозначно объединять в один запрос. В принципе 16000 это ниочем без инфы о железе.
По MySQL не скажу, но на PostgreSQL 120 000 в секунду чисто чиселок без индексов укладываю в базу с записью на HDD (промышленный сервер, SAS RAID10 на 8-ми дисках) с помощью COPY. Реально думаю и двести потянет.
Но вообще поправьте меня, но 120к в секунду за пару минут 15млн. С такими объемами данных в таблице реляционкам не айс работать.