В контексте мелких и средних проектов у vue-cli (далее по тексту буду иметь ввиду и остальные клиенты других фреймворков) одни плюсы - за условные 5 минут вы получаете типовой конфиг, который можно расширить свои плагинами и получить рабочую сборку.
Большой же проект предполагает, что:
1) может потребоваться нестандартная сборка, несколько точек входа со своим конфигом и прочие веселые прелести
2) на проекте работает специалист, который знает как работает сборщик и умеет написать к нему необходимый конфиг сам с нуля
3) у клиентов есть свои конфиги, которыми нужно учиться пользоваться в ДОПОЛНЕНИЕ к конфигам сборщика. Не всем нравится учиться лишним вещам
И вот тут начинаются проблемы - клиент генерит свой конфиг, и примешивает к нему то, что вы дописали. При этом что он там в итоге нагенерил смотреть не особо и удобно. В итоге все выливается в ситуацию "что эта тулза там ещё сгенерила, мне надоело перебивать правила".
Если проект полностью подходит под стандартный конфиг vue-cli - ничего плохого в его использовании нет.
У angular cli в этом плане получше - там можно выбрать, что делать с кастомным конфигом - примешать к стандартному, или заменить им стандартный. У vue, несколько я знаю, такой возможности нет.
P.S. у меня vue-cli не может нормально собрать свежеесозданный проект с vuetify, приходится понижать версию sass-loader. За такие "фишки" отдельные лучи добра.