Evengard

А разве создавать не надо и там, и там? Или у вас разные домены статические файлы используют единые? Или наоборот — статические файлы разные, а скрипты все одинаковые?

<Location /script>
DirectorySlash Off
SetHandler script-handler


Вот так, с SetHandler-ом, пробывали?