Интересная задача)
По идее, на странице корзины есть кнопка применить. Так вот, если изменить количество товаров и нажать применить, то цена изменится. Можно посмотреть как работает этот момент и сделать следующее: при нажатии на чекбокс, отправить AJAX только теми данными которые были выбраны.