1) Лично у меня опыт в Java небольшой, и сам я мало чего могу сказать об этом языке, но часто слышал, что с C# работать приятнее. Вот, например,
статейка, где рассказывают о крутых новых фичах Java, которые уже давно есть в LINQ.
2) Как ни парадоксально, но на C# писать кросс-платформенные мобильные приложения проще. Ну по крайней мере я не знаю аналогичных фреймворков для Java.
3) Может быть так, что компания делала приложения на C#, после чего решили начать делать мобильные приложения. Пересаживать опытных C# разработчиков на другой язык - дело довольно рискованное, а тут под рукой оказался хороший фреймворк.