Можно еще подключаться по NFC, но во-первых далеко не во всех телефонах он есть (привет iPhone), во-вторых тогда чехлу придется использовать свой аккумулятор, который тоже надо будет заряжать.
Li-ion аккумуляторы практически не портятся от того, что их постоянно подключать/отключать от зарядки, поэтому думаю эти чехлы никак особо аккумулятору вредить не будут. Могут еще навредить разъему, как написали выше, но это маловероятно.