Вы же сами ответили на свой вопрос. Делать отдельные прогоны для "Продукция" и "Товары" в вариантах разных названия реквизита. Контролировать результаты с помощью поиска ссылок на объект.
Если умеете программировать, то легче сразу написать обработку, чтобы при перепроведении документов все корректно закрывалось. Закрытие месяца, если там есть распределение затрат, лучше делать после всех замен.