Провешиваете на свой локальный комп порт 3306/tcp через ssh с сервера и обращаетесь со своей машины, как к локальному мускулю, бэкапите сразу к себе на машину.
Если не хотите руками настраивать OpenVPN, то для вас есть pritunl, берете виртуалку, берете pritunl, делаете разные сети для них.
Файлопомойку таки да, ownCloud выше вам правильно советуют, вполне подойдет и будет удобен.
Если ничего нет в dmesg, то проблема не в Debian. Разбирайтесь со своим железом, проверьте флэшку в другом компе и так далее.
Да, кстати, Debian это что в вашем случае? Debian GNU/Linux? Debian GNU/Hurd? Debian GNU/kFreeBSD? Неплохо было бы указывать какая у вас операционка, а не только кто ее делает.
собственно усе, трафик не пойдет никуда, ибо нет дефолта, трафик до ВПН-сервера пойдет через гв, что бы вы могли подключится, при поднятии ВПНа пропишутся маршруты.
Оградить от кривых рук контейнером. Не пускайте его на саму систему, сделайте ему lxc-таз. Так как у таза будет свой адрес этому адресу ограничивайте что и как хотите по сети.
Используйте lxc-контейнеры для таких целей. MySQL 5.1 — ископаемое, поставьте в контейнер современную данной версии версию дистрибутива и там держите. Не раскатывайте на живых серверах ископаемые :)
Доставьте дисплей менеджер.
Что-нибудь типа
sudo apt install lightdm
или
sudo apt-get install lightdm
Я не помню какой версии апт-утилиты в Debian 7 и потому не уверен есть ли команда apt или нужно использовать apt-get.
Ну для начала. Стабильные ветка 1.6 и версия в ней 1.6.2. 1.7.9 — девелоперская ветка, не ставьте ее, если не понимаете что делаете.
А так, если работает, в имеющимся пакете нет уязвимостей(а в Debian он обновляется на предмет секурити-фиксов) и вам не нужен функционал ветки свежей, то пусть себе работает. Когда придет время обновлять дистрибутив, тогда и nginx обновится до версии, что будет в репозитории.